« décembre 2019 »
25 26 27 28 29 30 1
2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15
16 17 18 19 20 21 22
23 24 25 26 27 28 29
30 31 1 2 3 4 5
Tous les évènements de Physique à venir

Tous les évènements de Biologie / Chimie à venir

Tous les évènements à venir

Les évènements relevant de la Physique et de la Biologie / Chimie sont représentés en turquoise

Breaking Timescale Limits : Microsecond-Scale Molecular Dynamics Simulations and Single Molecule FRET on the Allosteric Information Transfer Through Proteins

Vendredi 6 décembre 11:00 - Duree : 1 heure
Lieu : Salle des séminaires de l’IBS - 71, avenue des Martyrs - Grenoble

Orateur : Steffen WOLF (Biomolecular Dynamics, Institute of Physics, Albert-Ludwigs-University Freiburg, Germany)

Ligand binding to proteins and subsequent functional control by structural changes is at the heart of regulation of protein function. The timescales of underlying allosteric processes range from nano- to milliseconds, and thus are challenges for both theoretical and experimental methods. To overcome this challenge, we combined extensive all-atom molecular dynamics simulations on the order of several μs and single molecule FRET experiments, using the 1300 amino acid Heat Shock Protein 90 (Hsp90) dimer as test system. Hsp90 is one of the most conserved heat shock proteins, and besides its role as chaperone for a wide range of substrates serves as regulator for protein kinases. We show how ATP puts the Hsp90 dimer under strain, and forces the protein into an energetically disfavored active folding conformation. Hydrolysis of ATP to ADP + Pi removes the strain, causing a relaxed, inactive conformation. Interestingly, only few amino acids appear to mediate information transfer between nucleotide and the full protein dimer, which follows hierarchical dynamics. Last, I will give an outlook how nonequilibrium simulations and coarse-graining of microscopic dynamics can be used to further accelerate simulation methods, allowing the prediction kinetics for processes that occur on a timescale of μs to minutes, such as protein-ligand binding and unbinding.

Contact : ibs.seminaires@ibs.fr

Discipline évènement : (Biologie / Chimie)
Entité organisatrice : (IBS)
Nature évènement : (Séminaire)
Evènement répétitif : (Séminaire IBS)
Site de l'évènement : Polygone scientifique

Prévenir un ami par email

Télécharger dans mon agenda

Cafés sciences de Grenoble | UdPPC de Grenoble | Sauvons Le Climat | Cafe des sciences de Vizille
Accueil du site | Secretariat | Espace privé | Suivre la vie du site RSS 2.0 : Tous les evenements Suivre la vie du site RSS 2.0 : Evenements de Physique Suivre la vie du site RSS 2.0 : Evenements de Biologie & Chimie