« septembre 2020 »
31 1 2 3 4 5 6
7 8 9 10 11 12 13
14 15 16 17 18 19 20
21 22 23 24 25 26 27
28 29 30 1 2 3 4
Tous les évènements de Physique à venir

Tous les évènements de Biologie / Chimie à venir

Tous les évènements à venir

Les évènements relevant de la Physique et de la Biologie / Chimie sont représentés en turquoise

Dynamo : flexible software tools for subtomogram averaging of cryo electron tomography data

Vendredi 14 février 11:00 - Duree : 1 heure
Lieu : Salle des séminaires de l’IBS - 71, avenue des Martyrs - Grenoble

Orateur : Daniel CASTAñO DIEZ (Biozentrum, University of Basel, Switzerland)

While Cryo Electron Tomography offers an unique potential for direct visualization of the three dimensional structure of macromolecular compounds in their cellular environment, the severely noisy nature of the low dose images delivered by the microscope makes this imaging technique heavily dependent on a suitable computational treatment of the raw data. In particular, structure determination through Subtomogram Averaging requires the localization of large number of noisy copies of the compound of interest and extraction of the common signal through classification and alignment. This presentation focuses on several data processing challenges appearing in different stages of this technique, discussed in the context of the unified processing framework provided by the Dynamo software package. In particular, the new modules for full automation of the basic logistics of tomographic data management will be presented, a recent development of the package that provides non-expert groups with a fast entry gate into the technique. Further modules address the analysis of the identified subtomograms, guiding the users through the use of standardized analysis steps or rather supporting the design of new, case specific approaches. The software can harness High Performance Computing environments like CPU or GPU clusters, in order to cope with the numerically demanding nature of the technique, an aspect that will be showcased by different case studies.

Contact : ibs.seminaires@ibs.fr

Discipline évènement : (Biologie / Chimie)
Entité organisatrice : (IBS)
Nature évènement : (Séminaire)
Evènement répétitif : (Séminaire IBS)
Site de l'évènement : Polygone scientifique

Prévenir un ami par email

Télécharger dans mon agenda

Cafés sciences de Grenoble | UdPPC de Grenoble | Sauvons Le Climat | Cafe des sciences de Vizille
Accueil du site | Secretariat | Espace privé | Suivre la vie du site RSS 2.0 : Tous les evenements Suivre la vie du site RSS 2.0 : Evenements de Physique Suivre la vie du site RSS 2.0 : Evenements de Biologie & Chimie